Рома Воронежский на примере Ленты.Ру понятно объяснил, почему ссылки нужно подчеркивать:

«Тут целая поэма. Принципиального различия между дизайном как набором смысловых единиц и русским языком я не вижу. В русском языке — слова, в визуальной коммуникации (простите) — тоже слова. Когда дизайнер рисует сайт, он создает языковую систему, где словами являются отступы, линейки, цвета, размеры, всякие разные разделители, типа теней или плашек. При этом он — или она — рассчитывает, что эту систему воспримет любой человек, ну или хотя бы тот, кто, по замыслу, должен на этот сайт попасть. Попадет и поймет, что вот это — заголовки, вот это — дата/время, это — логотип, это важное, это неважное, это ссылка, это кнопка, а вместе — это некое послание, которое мы называем сайтом. Так же один человек строит предложения из, условно, подлежащих, сказуемых, обстоятельств, чтобы донести некое послание до другого человека.

Да, так вот. Я не могу оценить красоту построения визуальных фраз в этом произведении, потому что оно написано с ошибками. И главная ошибка, за которую я бы влепил кол, и вообще бы усомнился: а дизайнер ли передо мной? — отсутствие оформления ссылок. Поймите. Дизайнер может ненавидеть подчеркивание или синий цвет, но он обязан использовать в своей визуальной системе такую единицу, как ссылка (при условии, что спрятать ссылки не является целью). Ссылка не может быть оформлена так же, как простой текст. Ссылки и простой текст — базовые элементы этой системы. С них все началось. Все остальное, в принципе, можно вообще выбросить, и сайт останется сайтом. Поэтому ссылки и текст должны быть оформлены как две разные сущности. Можно ли проигнорировать это правило? Конечно. Сможет ли обыкновенный человек воспринимать такую систему? Сможет. Почертыхается поначалу, и сможет. Так почему ссылки нельзя оформлять как простой текст? По той же причине, по которой журналисты Ленты.ру не пишут «выдвенуты», «саискание» или «чризвычайный». Потому что делать так — неграмотно. Поймет ли читатель слово «саискание»? Конечно, поймет. А еще поймет, что автор не умеет писать».

http://www.artlebedev.ru/kovodstvo/business-lynch/2013/01/24/